水處理站運行初期，由于來水COD總量遠小于設計處理能力，為保證好氧污泥活性，污水經過酸化池預處理后直接進入推流式曝氣池內進行好氧處理，為剛接種的好氧污泥提供較好的生長環境。同時根據二沉池出水水質調整Fenton系統加藥量以保證最終出水水質滿足排放要求。由于利用當地同類型污水處理站內較新鮮的活性污泥進行接種并提供了充分的營養源，好氧污泥馴化過程較順利。
待紙廠來水水質及水量穩定后，開始將污水導入厭氧反應器內開始厭氧處理段調試。厭氧反應器調試初期出水中死泥較多并導致推流式曝氣池起始段有明顯惡臭?，F場將部分污水直接進入好氧處理段以降低厭氧反應器的處理負荷，待厭氧反應器出水穩定后再逐步提高進水量。該措施效果明顯，厭氧污泥活性恢復良好。
